日本のたばこ行政の特徴として挙げられることに、タバコ事業を管轄しているのが 厚生労働省ではなく、財務省と言うことがある。他の先進国においては、タバコに関する行政を行うのは、衛生や医薬品を管理する厚生労働省にあたる省庁である。また財務省は、日本唯一のタバコ製造メーカーである日本たばこ産業(JT)の筆頭株主たることが義務付けられている。すなわち、筆頭株主が行政も担当しているということになる。また、財務省官僚が退職後に日本たばこ産業に再就職(いわゆる天下り)することが過去にみられている。
同様に、酒類関連の製造・販売事業も、日本では財務省(国税庁)の所轄である。これはタバコや酒類が課税物資と捉えられているためである。
タバコの容器に表示が義務付けられている、健康に関する警告表示(後述各国の警告表示)といった、公衆衛生的な管理にあたっているのも財務省である。諸外国と比べ、日本の警告表示には写真等が含まれず、文面も穏やかであることから、警告表示として不十分との批判がある。
また日本の特徴として、自動販売機によるタバコ販売が活発であることが挙げられる。2004年現在、全国に約62万台の自動販売機が設置されており、実質的に未成年でもタバコが購入できる状況である。そのため1996年頃から、タバコ自動販売機を23時~翌朝5時まで停止させる自主規制が行われている。だが、自販機における深夜帯の売り上げは10%程度しかなく、たばこ業界が批判をかわすためのカムフラージュであるという指摘がある。また、たばこ業界は、2008年中に全てのたばこ自動販売機をICカード「タスポ」による年齢認証を行った上で販売する方式に切り替えると発表した。現在、この方式は鹿児島県種子島で「たばこカード」として2004年5月10日から先行的に試験導入されている。
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